專業型碩士和在職研究生的主要差別體現在培養目的、上課方式這兩個方面。由于許多報考人員對于兩者的差別還未有一個清楚的認識，以下便針對兩個方面進行介紹：

培養目的不同

專業型碩士：專業型碩士是培養具有扎實理論基礎，并適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。

在職研究生：在職研究生是國家計劃內，以在職人員的身份，半脫產，部分時間在職工作，部分時間在校學習的研究生學歷教育的一種類型。

學習方式不同

專業型碩士：專業型碩士的主要學習方式有全日制、周末班和集中班。全日制需要攻讀者全天上課；周末班通常是在周六日上課；集中班主要在寒暑假、國慶等長假時間里上課。

在職研究生：在職研究生專門為工作人員開設，其學習方式一般有周末班、集中班和網絡班三種。周末班通常是周六日上課，屬于隔周上課制；集中班也是在一些長假時間里上課；網絡班是視頻教學制，攻讀者可隨時隨地通過手機或電腦來觀看視頻學習課程。