上海國家會計學院研究生部，秉承培養“國際化精英人才”的目標，在“領袖級財會人才培養基地、政府財會政策制定和企業財務運作的思想庫、中國最重要的財會信息集散中心和中國最重要的財會對外合作平臺”，這學院四大發展維度中致力于培養更優秀的應用型研究生。自2004年起，學院與上海財經大學合作開展會計碩士專業學位教育，成為國內首批開展會計碩士專業學位教育工作的單位。2011年3月，國務院學位委員會授予上海國家會計學院專業碩士學位授予權，自此，學院開始獨立開展會計碩士專業學位MPAcc、審計碩士專業學位MAud人才培養工作。2014年5月，學院獲批為稅務碩士專業學位授權點，開始開展稅務碩士專業學位MT人才培養工作。

研究生部工作職能分明，招生、培養、學科學位、學工、就業等幾大職能辦公室具體分管研究生在校工作，有針對性地采取聚焦、差異化、開放等戰略，配合實施高效、細致且獨具特色的工作方法，在招生工作、人才培養以及就業指導等方面積累了豐富的經驗，取得穩步進展，為學院形成自己的特色化發展之路積極助力。